Бриллиантовый зеленый широко применяется • в медицине и фармацевтике, как антисептическое средство, • как краситель для бумаги, древесины, • для изготовления фаналевых лаков, • как pH-индикатор с переходом от желтого к зеленому, • в микробиологии, как краситель, например, при анализе вод на наличие фекальных микроорганизмов, • в рыбоводстве — для борьбы с некоторыми заболеваниями рыб и др.